28 ноября 1975 года в Дили, столице Восточного Тимора, объявлено о провозглашении независимости и образовании Народно-Демократической Республики Восточный Тимор. Флаг Тимора был создан членами Центрального Комитета ФРЕТИЛИН ночью перед провозглашением независимости (28 ноября 1975 года). Изготовить первый экземпляр, было поручено Наталино Лейтао. 29 ноября была опубликована Конституция Тимора, где уже содержалось описание флага: флаг прямоугольной формы, у древка расположены два треугольника с общим основанием: чёрный, высота которого равна 1/3 длины полотнища, и жёлтый, высота которого равна половине длины полотнища, в центре чёрного треугольника - белая звезда, основной цвет полотнища красный. Соотношение длины флага к ширине не регламентировалось.

Чёрный цвет на флаге символизировал колониализм, красный - кровь тиморцев, звезда - надежду на лучшее, а острый угол треугольников, направленный в центр полотнища - борьбу за свободу.

7 декабря Индонезия ввела свои войска на территорию Восточного Тимора, и независимой республике пришёл конец. С 1976 года Восточный Тимор - провинция Индонезии. Но правительство в изгнании продолжало использовать флаг 1975 года. Такой же флаг использовал и Революционный Фронт Освобождения Восточного Тимора ФРЕТИЛИН (Frente Revolucionaria de Timor-Leste Independente - Revolutionary Front of Independent East Timor). Позже у ФРЕТИЛИНа появился другой флаг, но в тех же цветах.

Незадолго до провозглашения независимости популярными стали цвета движения ФАЛИНТИЛ (ФАЛИНТИЛ, Вооружённые Силы Национального Освобождения Восточного Тимора, Forcas Armadas de Libertacao Nacional de Timor Leste): синий, белый и зеленый. Предполагалось, что именно таким и станет национальный флаг будущего независимого государства. Когда в октябре 1999 года лидер сопротивления Жанана Гусмао посетил Дили, состоялся импровизированный военный парад. На груди у Гусмао был зелёно-бело-синий флажок. На церемонии использовался зелёно-бело-синий флаг с красным кантоном (закрывающим две верхние полосы) с эмблемой.

Представители различный политических партий Тимора весной 1998 года в Португалии собрались на первую Восточнотиморскую конвенцию. В итоге был создан Национальный Совет Сопротивления Восточного Тимора (National Council of East Timorese Resistance; CRNT) и принята Хартия Свободы. Флаг СРНТ создан на основе партийного флага ФАЛИНТИЛ. Лишь эмблема у древка флага была другой.

30 августа 1999 года в Восточном Тиморе состоялся референдум по вопросу статуса территории. Около 75% населения высказалось за предоставление Тимору независимости. Правительство Индонезии 20 октября 1999 года подтвердило право народа Тимора на самоопределение. 19-20 мая 2002 года была провозглашена независимость нового государства - Республики Восточный Тимор. Тогда же был торжественно поднят новый "старый" флаг страны. После долгих споров был восстановлен флаг 1975 года (поначалу это не устраивало представителей политических партий Тимора, они считали, что флаг 1975 года - узкопартийный флаг ФРЕТИЛИН). Так уж получилось, что флаг Восточного Тимора стал первым новым государственным флагом XXI века. Одним из девизов церемонии провозглашения независимости был "Восточный Тимор - первая нация нового тысячелетия".

В статье 14 Конституции указано, что государственные символы страны флаг, гимн и герб. В статье 15 описан национальный флаг: "Национальный флаг прямоугольный. Рисунок на флаге сформирован из двух равнобедренных треугольников, основания которых совпадают. Один треугольник чёрный, его высота равна 1/3 длины флага, второй треугольник жёлтый, его высота равна 1/2 длины флага. В центре чёрного треугольника помещена белая пятиконечная звезда. Один из её концов направлен к верхнему "правому" углу флага. Остальное поле флага багряно-красное".

Там же, в Конституции республики, объясняется символика цветов флага: красный - кровь борцов за свободу, белый - мир, черный - тяжелое колониальное прошлое.